La seule formation insulaire du lac est l’île Comacina, de taille modeste mais au passé prestigieux. Au Moyen Âge, l’île était une forteresse indépendante et le centre d’événements historiques importants. En 588, Authari conquit le château en battant le magister militum byzantin Francione, vainquant ainsi la dernière résistance anti-lombarde. En 1169, il fut définitivement détruit par les comasques aidés par l’allié germanique Frédéric Barberousse à la suite de la guerre de dix ans (it). Depuis lors, l’île est restée totalement inhabitée. Les bâtiments actuels sont l’église du xviie siècle de San Giovanni, la seule subsistant des neuf, l’auberge avec restaurant attenant où séjourna Alfred Hitchcock et les petites constructions de l’architecte Pietro Lingeri. Les ruines de l’ancienne basilique Sant’Eufemia sont le symbole des vestiges antiques, rappelées chaque année le dans la Sagra di San Giovanni.